Misjonskirkens hovedorganer i organisasjonen.
GENERALFORSAMLINGEN
Generalforsamlingen (GF) er det øverste organet i Misjonskirken Norge (MKN). Det arrangeres annet hvert år, gjerne i mai måned. Eiermøtet for Ansgarskolen AS gjennomføres som en del av GF. Delegater ved GF er representanter fra menighetene, avhengig av antall medlemmer i den enkelte menighet. I tillegg er det medlemmer i Hovedstyret, ordinerte og aktive pastorer og misjonærer og sentrale ledere. Hvem som har stemmerett beskrives i Lover for Misjonskirken Norge.
HOVEDSTYRET
Hovedstyret (HS) er det øverste valgte organ. Leder i HS, medlemmer og varamedlemmer velges av Generalforsamlingen. I tillegg er det ett medlem fra Misjonskirken UNG, ett medlem fra Ansgarskolen AS, samt ett medlem fra Pastor- og medarbeiderforeningen (PMF). HS leder virksomeheten på et overordnet plan og har oppgaver forklart i Lover for Misjonskirken Norge (§ 5.1-2). HS oppnevner et Arbeidsutvalg (AU) og andre råd som får delegert saker og saksområder..
RÅD OG KOMITÉER
Pastor- og menighetsrådet (PMR) er et rådgivende organ for Hovedstyret i teologiske, etiske og ordningsmessige spørsmål. Rådet innstiller personer for ordinasjon og gir råd og veiledning overfor pastorer og menigheter som søker råd. Rådet består av to valgte medlemmer fra Generalforsamlingen sammen med ledere og ansatte, beskrevet i Lover for MKN. Til sammen utgjør PMR ti personer.
Nasjonalt råd (NR) er et rådgivende organ for Hovedstyret i det nasjonale arbeidet. Nasjonal leder i Misjonskirken Norge har dette som et fagråd og en diskusjonspartner i saker og prosjekter som avdelingen arbeider med.
Internasjonalt råd (IR) er et rådgivende organ for Hovedstyret i det internasjonale arbeidet. Rådet fungerer som et fagråd og en diskusjonspartner for oppgavene i internasjonal avdeling.
Trossamfunnets styre (TSS) består av leder og to faste medlemmer og to varamedlemmer. Medlemmer i HS med medlemskap i trossamfunnet utgjør trossamfunnets generalforsamling og velger trossamfunnets styre. Styret behandler saker som gjelder inn- og utmeldinger av menigheter i trossamfunnet, saker om vigselsrett og opplæring av protokollføring, samt kontrollerer Hovedstyrets disponeringer av statlige tilskudd og rapporteringer til Statsforvalteren.
Valgkomitéen består av leder og medlemmer valgt direkte av Generalforsamlingen. Komiteen arbeider uavhengig og innstiller til alle valg som foretas i GF og Eiermøtet. Komiteen innstiller også på honorar for HS leder.
Kontrollkomiteen består av leder og medlemmer valgt direkte av Generalforsamlingen. Komiteen er et kontrollorgan for arbeidet i Hovedstyret, Trossamfunnets styre, og HS-leders forvaltning av eierinteressene i Ansgarskolen AS. De skal føre tilsyn med at arbeidet er i samsvar med gjeldende regelverk og vedtak som er gjort.
Ansgarskolen AS eies av Misjonskirken Norge og er morselskapet for fire datterselskaper. Leder av MKNs hovedstyre er generalforsamlingen i morselskapet. Styreleder i morselskapet er generalforsamling for datterselskapene. Eiermøtet for Ansgarskolens selskaper gjennomføres samme tid og sted som MKNs generalforsamling og følger samme representasjonsregler som MKNs delegater.