Misjonskirken Norge er tilsluttet International Federation of Free Evangelical Churches (IFFEC), en sammenslutning av evangelikale kirker over hele verden. I dag er det over tretti nasjonale medlemskirker i IFFEC.
Misjonskirken Norge har flere søsterkirker og samarbeidspartnere som vi er tettere på, blant annet Equmeniakyrkan i Sverige, Den Evangeliske Frikirke i Danmark, samt søsterkirker i Romania, Colombia og Kongo.
